La réforme agraire en Tunisie a pris naissance par la loi n°58 du 11 juin 1958 portant réforme agraire dans la basse vallée de la Medjerda.
Puis une 2ème loi a été promulguée : la loi n°18 du 27 Mai 1963 complétée et modifiée par la loi n° 9 du 16 février 1971 et la loi n° 30 du 6 mars 2000 portant réforme agraire dans les périmètres publics irrigués.
En 1977, Création d’un organisme spécialisé dans la réforme agraire « l’Agence de la Réforme Agraire dans les périmètres Publics Irrigués » par la loi n°17 du 16 mars 1977 complétée et modifiée par la loi n° 29 du 6 mars 2000.
En 1999, Changement de la dénomination de l’agence par le décret n° 1877 du 31 août 1999 « Agence Foncière Agricole » au lieu de « Agence de la Réforme Agraire dans les Périmètres Publics Irrigués ».
Lors de sa création par la loi n°17 du 16 mars 1977 telle que modifiée et complétée par la loi n°29 du 6 mars 2000, l’Agence était sous forme d’établissement public à caractère industriel et commercial doté de la personnalité civile et de l’autonomie financière. En 2002 et en vertu du décret n° 2200 du 7 octobre 2002 fixant l’autorité de tutelle sur les entreprises publiques et les établissements à caractère non administratifs, l’Agence a été transformée en un établissement public à caractère non administratif (EPNA) tout en gardant la personnalité civile et l’autonomie financière. Le changement de vocation a pour origine la nature des activités de l’Agence qui sont assimilées à celles de service public et par conséquent elle est considérée comme le prolongement de l’administration.
L’Agence est placée sous la tutelle du Ministère de l'Agriculture et de l'Environnement. L’organisation administrative et financière de l’AFA est fixée par le décret n° 1273 du 31 mai 1999.
